Su fundación se remonta a la época prehispánica por grupos popolocas, chochos y mixtecos, que buscaron en el Valle de Tehuacán, su asentamiento. Fue cuartel general del revolucionario constitucionalista, Francisco Barbosa. Su territorio perteneció al antiguo Distrito de Tehuacán y en 1895 se constituyó como municipio libre. La cabecera municipal es la Villa de Ajalpan.
Clima seco muy cálido, el más seco de los esteparios: se presenta en zonas planas, correspondientes al Valle de Tehuacán.
Clima seco semi-cálido; lluvias en verano y escasas a lo largo del año: se presenta en el extremo oeste, en un área reducida y en una gran Extensión al centro del municipio, en las estribaciones de la Sierra Zongolica.
Clima semi seco templado con lluvias en verano y escasas a lo largo del año: ocupa un área reducida al extremo noroeste del municipio y en lo que corresponde al Cerro Tepostel.
Clima semicálido subhúmedo con lluvias en verano: ocupa una angosta franja al centro del municipio.
Clima templado subhúmedo con lluvias en verano: este clima se presenta en las partes más altas del municipio, en la Sierra de Zongolica.
Clima templado húmedo con abundantes lluvias en verano: se presenta al extremo oriental, en el declive oriental de la Sierra de Zongolica.
Ajalpan tiene demasiadas riquezas en cuestión de las artes, hechas de diversos materiales como: barro, carrizo, tela, etc
Ajalpan es el productor principal de la región que elabora tejas hechas de barro, esto es a lo que más se dedica el municipio ademas de otras artesanías.
Este municipio también es el principal productor y exportador de la artesanía que lleva por nombre canastas
